Les éruptions solaires endommagent le système GPS car le rayonnement de ces éruptions perturbe les transmissions radioélectriques des signaux venant de la Terre. Les fréquences utilisées par l'envoi de données GPS depuis les satellites - ou d'autres systèmes analogues - sont en effet les mêmes que celles brouillées par les éruptions solaire, rendant les signaux reçus nettement moins précis.

L'éruption solaire de décembre 2006 inquiète fortement les spécialistes , Paul Kintner, professeur d'ingénierie électrique à l'université Cornell de New York, a précisé qu'en « décembre, nous avons constaté que les effets négatifs sur des récepteurs GPS ont été plus importants et plus répandus que prévu. Nous envisageons maintenant avec sérieux les dégâts que pourrait provoquer une nouvelle éruption solaire d'une intensité maximale ».